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== 基础 == <br> == 简史 == * 第一个被完整测序的 DNA:[http://www.bacteria.cn/html/2015/1462.html 噬菌体 ΦX174],1975 年完成,环形单链 DNA (ssDNA),5386 bp (GenBank ID: J02482),编码 11 个蛋白质 (8 个必需) * 第一个被完整测序的动物病毒 DNA:[https://baike.baidu.com/item/SV40 SV40 virus] [[https://en.wikipedia.org/wiki/SV40 2]],1977 年完成,环形双链的 DNA,5243 bp * pBR322,1978 年完成,4363 bp * 人类线粒体,1981 年,16.6 kb * [https://baike.baidu.com/item/%CE%BB%E5%99%AC%E8%8F%8C%E4%BD%93 λ 噬菌体],1982 年,49 kb,61 个基因(38个较为重要) * 第一个能独立生存的生物体 DNA:流感嗜血杆菌 (Haemophilu sinfluenzae),1995 年,1 830 140 bp, 1740 个基因 <br><br> == 格式 == === FASTA === FASTA 格式(又称为Pearson格式)是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来表示,且允许在序列前添加序列名及注释。 FASTA 文件以序列表示和序列作为一个基本单元,各行记录信息如下: * 第一行:以 ">" 开头的任意文字说明。用于序列标记,为了保证后续分析软件能够区分每条序列,单个序列的标识必须具有唯一性 * 第二行:碱基序列。只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号。通常核苷酸符号大小写均可,而氨基酸常用大写字母。使用时应注意有些程序对大小写有明确要求。文件每行的字母一般不应超过 80 个字符 <br> === FASTQ === FASTQ 最初由 Sanger 开发,目的是将 FASTA 格式数据与质量数据放到一起,目前已经成为高通量测序结果的事实标准。 FASTQ 文件以四行为一个基本单元,并对应一条序列的测序信息,各行记录信息如下: * 第一行:序列标识以及相关的描述信息。以‘@’开头,为了保证后续分析软件能够区分每条序列,单个序列的标识必须具有唯一性 * 第二行:碱基序列 * 第三行:以‘+’开头,后面是序列标示符、描述信息,或者什么也不加 * 第四行:质量信息,长度和第二行的序列相对应,每一个序列都有一个质量评分,根据评分体系的不同,每个字符的含义表示的数字也不相同。 <br> == 参考 == * [https://www.guokr.com/article/440343/ 人类基因组最新测序结果 2015] * [https://www.guokr.com/article/441301/ 首个人工合成的细菌 - 丝状支原体 2016] * [https://www.guokr.com/article/442119/ 人工合成酵母基因组项目(Sc 2.0项目) 2017] * [https://www.guokr.com/article/441234/ 水熊虫“睡美人”:冰箱沉睡30年后依然苏醒] * [https://www.guokr.com/article/438146/ “杀不死”的水熊虫是何方神圣?] * [https://www.guokr.com/article/441017/ 世界上最顽强动物的基因组,究竟长啥样?] * [https://www.guokr.com/article/441769/ “防辐射”蛋白:水熊虫的生存利器] * [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome?term=canis%20lupus%20familiaris 家犬基因数据] * [http://www.bacteria.cn/html/2018/2275.html 生物安全四级实验室(BSL-4)防护区范围及气密性要求的国内外对比] <br><br> <br><br> <br><br>
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