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=== 参考序列 === 第一个参考序列为 NC_045512.2,2020年1月18日公布出来的第一株序列,来自武汉采集样本,原始 GenBank accession number 为:MN908947,refseq 库 accession number 为 NC_045512.2,长度 29903bp,原始数据为 SRR10971381。 参考序列网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_045512 文章:https://www.nature.com/articles/s41586-020-2008-3.pdf SARS 参考基因组 accession number 为 NC_004718.3,物种分类 ID 为 694009。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004718.3 蝙蝠分离株参考基因组,命名为 batSARS,参考序列株为MG772933 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MG772933 <source lang=bash> $ wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz # 2019-nCov $ efetch -db nuccore -format fasta -id NC_045512 > 2019nCov.fa # SARS-nCov $ efetch -db nuccore -format fasta -id NC004718 > SARS.fa # SARS-like $ efetch -db nuccore -format fasta -id KT444582 > SARS-like-WIV16.fa # batSARS $ efetch -db nuccore -format fasta -id MG772933 > batSARS.fa $ curl -o datasets 'https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/datasets/command-line/v2/linux-amd64/datasets' $ chmod +x datasets $ curl -o dataformat 'https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/datasets/command-line/v2/mac/dataformat' $ curl -o datasets.exe "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/datasets/command-line/v2/win64/datasets.exe" </source> efetch guide: https://dataguide.nlm.nih.gov/edirect/efetch.html [https://dataguide.nlm.nih.gov/eutilities/utilities.html#efetch cmd parameters] <br>
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